Il substrato del terrario è uno degli elementi maggiormente importanti in quanto consiste nella base del contenitore sul quale il rettile trascorrerà la maggior parte del proprio tempo. Per ottenere un perfetto substrato occorrerà verificare in primo luogo che il materiale non sia tossico o abrasivo o pericoloso in generale per la salute del rettile. Senza dimenticare poi che il substrato andrà pulito spesso per cui occorre altresì che si tratta di un materiale di facile pulizia ed igienico.
Occorre fare attenzione nella scelta del substrato in quanto orientarsi verso materiali non idonei o puramente estetici potrebbe causare problemi al rettile come ad esempio ostruzioni intestinali o ferite nel caso di substrato abrasivo.
La scelta del substrato è vastissima: analizziamo le tipologie maggiormente utilizzate. La carta di giornale è la più pratica ed economica, gli asciugamani sono altrettanto igienici ed economici ma alcune specie potrebbero ingerirne delle piccole quantità. Il pallet nel caso di roditori o rettili erbivori è perfetto in quanto può anche essere ingerito, ma mai in grosse quantità: lo stesso dicasi per la segatura, economica e pratica, permette anche di mantenere sotto controllo la crescita batterica.
Attenzione alla segatura ottenuta da determinate tipologie di alberi in quanto potenzialmente tossica per molti rettili (ad esempio il cedro è un legno tossico). Il terriccio, la ghiaia, i sassolini e la sabbia vanno cambiate spesso e sono ideali per la creazione di un habitat adatto alla maggior parte delle specie: unico accorgimento, attenzione alla possibilità che gli animali ne possano ingerire piccole quantità con relativi problemi intestinali.
Detto ciò, ultimo elemento di fondamentale importanza per un terrario adeguato, la sua pulizia: l’igiene come già ricordato è importantissima per evitare la proliferazione di batteri e l’insorgere di malattie e parassiti tra i rettili. Il substrato va dunque cambiato spesso, o comunque quando si notano tracce di feci o altre secrezioni: con il substrato vanno altresì puliti tutti gli altri elementi che vi sono contenuti. Pulite tutto con disinfettando naturali o comunque non aggressivi: tracce eventualmente lasciate sugli oggetti potrebbero rivelarsi fatali o comunque nocive per gli animali.